Adobe ReaderをIE内で起動させなくする方法

Adobe Readerを起動して「編集(E)」→「環境設定(N)」から"環境設定"ウィンドウを表示して、分類の「インターネット」を選び、Webブラウザオプションの「PDFをブラウザに表示(D)」のチェックをはずします。

これでIEでPDFファイルを開いたときには、普通に保存するかを問うウィンドウが表示されるようになります。